審計部查核行政院所屬機關民國(下同)102年度重大公共建設計畫執行績效結果，發現「自償性公共建設預算制度實施方案」之監督管考機制未臻周延，不利控管自償率之達成，經向行政院提出建議意見，該院已修正相關規範，加強財務規劃與管制考核，以擴大公共建設整體週邊效益，提高公共建設計畫自償率，減輕政府財務負擔。
行政院為順利推動重大公共建設，減輕政府財政負擔，於101年7月24日核定「跨域加值公共建設財務規劃方案」（下稱跨域加值方案），期藉由擴大公共建設受益範圍之開發利益，透過公有土地開發或都市更新、調高並標售增額容積、納入未來地方政府因公共建設帶動增加之地價稅、房屋稅、土地增值稅等財源，及推動異業結合等策略，逐年回收外部收益納入基金，提高計畫自償能力，以挹注公共建設經費；另為落實執行機關之財務責任，強化工程成本控制，於102年7月8日修訂「自償性公共建設預算制度實施方案」，以管控覈實納入增額財源。審計部查核發現上開實施方案，對基金績效考核尚缺乏監督管理機制，對於計畫自償率之達成情形亦未建置相關獎懲制度，且部分採行跨域加值方案之公共建設計畫，自償率未達20％或自償部分投資金額未達10億元，無相對應之管制機制，不利控管計畫自償率之達成。經建請行政院建置完整自償性公共建設之管制考核及獎懲制度，覈實管控納入增額財源，並健全基金財務管理，定期檢討評估計畫自償能力，以確保自償率之達成。
經審計部追蹤改善結果，行政院已於103年9月26日修正「行政院所屬各機關中長程個案計畫編審要點」第4點規定，納入中長程個案計畫之擬訂，應加強財務規劃，對於具自償性者，須列明自償率，鼓勵民間參與，並研擬完整之財務計畫等規範，以擴大公共建設整體週邊效益，減輕政府財務負擔；另各部會年度施政計畫之重要項目已依「行政院所屬各機關個案計畫管制評核作業要點」規定納入管制，據以辦理計畫管制及考核作業，行政院主計總處亦將檢討於「自償性公共建設預算制度實施方案」增訂相關條文，將自償性公共建設計畫之預算編列、執行及加強主管機關主動督導考核等財務面向，請主管機關納入績效考核機制。審計部將持續注意其後續改善成效。