審計部查核發現，交通部臺灣鐵路管理局（下稱臺鐵局）辦理二層行溪橋改建工程，未依行車速度目標提出規劃設計基準，亦未積極辦理工程發包作業，又未於開工前完成用地徵收及鑑界，衍生履約爭議，導致工程整體進度延遲7年餘，經陳報監察院並由該院調查後，提案糾正臺鐵局。
臺鐵局為改善鐵路行車安全，增進乘車舒適感，並解決鐵路養護人力不足問題，於民國（下同）89年8月規劃辦理二層行溪橋改建工程，興建經費為3億5,800萬元，原預定於91年底完成改建，實際於103年4月9日竣工。
本案經審計部查核發現，臺鐵局未要求設計顧問公司依行車速度提高為130公里/小時之目標，辦理規劃設計，徒增作業時間達2年1個月；完成設計後，逕以經費不足為由而暫停改建工作，遲至98年始重新辦理發包作業；復因未檢討原設計資料與現地條件之差異，及事先完成用地徵收及鑑界作業，衍生履約爭議等情，延宕工程整體進度時程。案經於102年5月21日陳報監察院核辦，經該院立案調查後，於103年6月11日糾正臺鐵局（詳監察院公報2922期）。