審計部查核發現，經濟部工業局辦理食品良好作業規範（Good Manufacturing Practice，簡稱GMP）之認證，原採逐項產品認證，易使民眾誤認為經認證產品之廠商所有產品均符合GMP規範，且執行食品GMP認證之機構欠缺產品檢驗專業能力，經函請經濟部審慎檢討現行認證制度及落實追蹤查驗機制，工業局已修訂相關規範，於民國(下同)103年4月1日起改採全廠同類產品全數驗證，及委由第三方專業機構驗證執行單位之能力。
政府為保護消費者權益，責由工業局引進美國食品良好作業規範制度，於71年5月修法公布實施GMP，工業局並於78年開始推行食品GMP認證制度，同年2月22日經濟部訂定「食品良好作業規範推行方案」，作為辦理GMP認證準據。截至102年底止，通過食品GMP認證之生產線471條，認證產品3,456項。工業局辦理食品GMP認證與追蹤管理情形，經審計部查核發現：（一）食品GMP採逐項產品認證方式，與國際間多採整廠認證方式有所不同，易使民眾誤認為經認證產品之廠商所有產品均符合GMP規範，且執行食品GMP認證機構一方面接受政府委託向食品業者推廣GMP制度並施予輔導，另一方面又受託辦理GMP稽核認證或核發標章事宜，迭遭外界質疑其公信力；（二）該局辦理食品GMP認證與追蹤查驗之人力、經費不足，且執行GMP認證機構或欠缺檢驗食品添加物、製程等專業能力，或未依規定落實執行查驗作業等情，經函請經濟部審慎檢討現行GMP認證制度妥適性，並督促該局檢討妥處。
案經審計部追蹤改善情形，工業局已蒐集國外作法，邀請學者、專家研擬食品GMP精進方式，修訂GMP推行方案及實施規章相關條文，改採全面推動全廠同類產品全數驗證，以符合社會大眾期待；另委託第三方專業機構驗證執行單位之能力與不定期於市場上進行產品之抽驗，以提升查驗能力，暨增加赴廠追蹤查驗頻率。