審計部查核發現，衛生福利部臺北醫院及基隆醫院辦理採購，對於疑涉不法情事，未妥善處理，致已罹於行政處罰裁處權時效及押標金追討無門；且該部所屬臺北醫院、基隆醫院、樂生療養院等3機關辦理採購，各作業階段均有未符政府採購法相關規定情事，影響採購公正性，經陳報監察院核辦，業由監察院提案糾正。
審計部民國(下同)99年調查臺北醫院、基隆醫院、樂生療養院等3家醫療院所辦理30件採購案，合計決標金額2億50萬餘元，發現臺北醫院「全自動酵素免疫分析儀之試劑」案，採分項報價辦理，得標廠商優先減價之27個分項報價，均與核定底價表完全相同，疑涉洩漏底價，惟該醫院未及時查察妥處，致後續檢調機關介入偵辦時，距行為時已逾6年，相關人事多已更迭，錯失蒐證時機，徒增辦案困難；另基隆醫院「全自動免疫分析儀試劑」、「96年度防火區劃整修工程」及「97年度院區整修工程」等3案，不同投標廠商間存有投標文件內容筆跡雷同等異常關聯情事，惟該醫院亦未及時查察妥處，致該等廠商得以相同手法持續參與政府採購招標，總計22案，破壞政府採購秩序，影響採購公平性，嗣經檢調機關偵辦結果，依投標廠商犯政府採購法第87條第3項以詐術使開標發生不正確結果之罪，予以起訴或緩起訴處分，惟因已罹於行政處罰裁處權時效，無法將該等廠商於政府採購公報刊登為不良廠商；及因部分廠商已早一步登記解散，並經法院清算完結，致押標金追討無門，損及政府權益；其餘採購案件，於招標、底價訂定、決標、驗收及結算等作業階段，均有未符政府採購法令相關規定之缺失。
上情經審計部於100年8月16日依審計法第17條規定報告監察院，並於101年11月22日及103年1月13日提供檢調機關偵辦結果、相關機關檢討行政違失責任、後續改善情形及審計部審核結果等資料予該院。監察院業於103年7月2日糾正衛生福利部。(詳監察院公報第2926期)