審計部派員抽查發現，國軍左營總醫院（民國102年1月1日改隸並更名為國軍高雄總醫院左營分院，以下簡稱左營醫院）辦理放射腫瘤治療中心醫療合作案，未詳實估算院方及廠商成本，雙方報酬分配比率失衡，影響院方權益，經函請國防部查明妥處，左營醫院已與廠商協商調整報酬分配方式，截至民國（下同）103年第1季止，增加營運收入891萬餘元。
左營醫院為提供癌症病患放射腫瘤治療服務，於92年1月與廠商簽訂為期15年之合作契約，成立放射腫瘤治療中心，95年3月起營運，營運收入按年依所訂比率分配。審計部抽查發現該院辦理該醫療合作案，未詳實估算廠商成本，低估醫院應負擔之費用，逕依廠商提供資料編製效益評估表，肇致雙方報酬分配比率失衡，廠商自98年起已有盈餘，該院截至99年底收支仍未平衡，累積虧損達2,003萬餘元，經函請國防部查明妥處。
案經審計部追蹤改善結果，左營醫院已擬具建置績效評估作業等重點，與廠商協商調整報酬分配方式，總計自101年第3季至103年第1季止，院方增加營運收入891萬餘元。