審計部臺灣省基隆市審計室(以下簡稱基隆市審計室)查核基隆市政府辦理動物防疫業務執行情形，發現該府未依規定成立動物防疫機關，經函請檢討改善，該府業於民國(下同)103年7月1日起成立「基隆市動物保護防疫所」，並配置員額及辦理追加預算，專責辦理動物保護防疫工作。
為防治動物傳染病之發生、傳染及蔓延，依動物傳染病防治條例第8條第2項規定：「直轄市、縣(市)政府應設動物防疫機關。」惟基隆市政府尚未設立動物防疫機關，相關業務係由該府產業發展處農林行政科兼辦，不利動物保護及防疫業務之執行，加上近年來部分動物傳染病如H5N1流感、狂犬病等已成為人畜共通的傳染病，且兩岸往來頻繁，基隆港亦將配合中央政策發展為自由經濟貿易區，由此入境之動物及畜產品等將逐年增加，肇致動物疫情風險隨之提高，經基隆市審計室函請該府檢討改進。
基隆市審計室經追蹤基隆市政府改善結果，該府已於103年1月23日開會決議成立「基隆市動物保護防疫所」，專責辦理動物保護、動物防疫、畜產管理與獸醫行政管理等業務(配置員額5員，及辦理追加預算821萬餘元作為防疫經費，並經基隆市議會審議通過)，相關組織規程及編制表經考試院103年4月16日考授銓法五字第1033836464號函同意備查，並於103年7月1日起正式掛牌運作。