審計部臺南市審計處(以下簡稱臺南市審計處)查核發現，前臺南縣政府(以下簡稱前縣府)耗資興建南瀛生技研發大樓，提供中央研究院(以下簡稱中研院)作為研發用途辦公室，惟該府與中研院間未規範雙方權利義務，經函請研謀改善，臺南市政府已與中研院簽訂協議書，並承諾將研發成果所得價金總額20％回饋該府，增益公庫收入。
前縣府為推動南部生物科技產業發展，經與中研院研商決議於臺南設置生物科技實驗中心，並於民國(下同)93年1月5日由前縣府投資1億4,188萬餘元(另由行政院國家科學委員會及行政院國家科學技術發展基金管理會補助8,671萬餘元)興建4層樓之南瀛生技研發大樓，其中地下室及1至3樓供中研院作為研發用途辦公室，4樓由前縣府使用。惟經臺南市審計處查核發現，該大樓99年7月完工後，由於前縣府與中研院間未規範雙方權利義務，前縣府相關單位亦未進駐，造成4樓閒置，經函請前縣府檢討改善。
嗣經臺南市審計處持續追蹤結果，臺南市政府業於102年5月與中研院簽訂「南瀛生技研發大樓撥用協議書」，4樓作為培育臺南生技發展之育成中心，全棟大樓作為中研院提升臺南市生技產業研發能量之用，由中研院負責該大樓全部管理維護，並訂定該大樓使用管理辦法，中研院亦承諾研究成果所得價金總額20％作為回饋，增益公庫收入。