審計部臺灣省屏東縣審計室（下稱屏東縣審計室）調查發現，屏東縣政府未依規定審查農地興建集村農舍案，且任由農地違法移轉；另審計部臺灣省雲林縣審計室（下稱雲林縣審計室）調查發現，雲林縣集村農舍違法出租使用，雲林縣政府未積極處理，經陳報監察院，該院業於民國（下同）103年6月5日提案糾正。
屏東縣政府96年間核准民眾於恆春鎮槺榔林段土地以集村方式興建農舍，並於98年10月依行為時集村興建農舍獎勵及協助辦法補助該案20戶起造人各25萬元（共500萬元）。惟屏東縣審計室調查發現，該府未依農業用地興建農舍辦法等規定審查各起造人「供農業生產使用」與「供興建農舍」之農業用地面積比例，經重新計算，各起造人供農業生產使用之農業用地面積均低於其所有農業用地面積總和之90％，未合上開規定；且該府未依農業用地興建農舍辦法規定將該案土地地號送地政機關註記，致40筆農地於興建農舍未滿5年即違法移轉他人，衝擊農業生產環境及農村發展。
另雲林縣政府截至97年核准民眾以集村方式興建農舍計4案，其中斗六市大崙段大崙小段、大潭段大潭小段等2案集村農舍（共40戶）興建後，經雲林縣審計室調查發現，有38戶對外出租，未確供農業使用，違反農業發展條例等規定，雲林縣政府復未積極稽查取締及列冊專案管理，導致違法使用情形未見改善。
本案經依審計法第20條規定，陳報監察院，案經監察院於103年6月5日提案糾正屏東縣政府、雲林縣政府（詳監察院公報第2920期）。