民國(下同)102年在臺灣絕跡超過50年的狂犬病疫情再度爆發，依世界衛生組織931號技術手冊發布之狂犬病預防原則，首重犬貓狂犬病疫苗之施打，其次是厲行寵物登記以減少流浪貓狗。施打疫苗必須掌握犬貓數量及戶籍，審計部臺南市審計處(以下簡稱臺南市審計處)調查發現，臺南市動物防疫保護處辦理寵物登記業務，未適時更新，致登記資料逾時失真，經函請研謀改善，該處已展開全面調查，大幅更新寵物基本資料，提升防疫成效。
依寵物登記管理辦法規定：寵物出生日起4個月內應辦理晶片植入寵物登記，如有轉讓、遺失或死亡等情形，應辦理資料變更。102年7月臺灣爆發狂犬病疫情，亟須掌握犬貓數量及戶籍以施打疫苗，惟臺南市審計處調查發現，臺南市(含前臺南縣市)自88年推行寵物登記以來，寵物死亡登記數僅5,032隻，截至102年9月底，寵物登記數為101,162隻，其中登記滿10年以上者45,580隻，占登記總數比率達45.06％，倘按犬貓平均壽命約為10至15年計，加上飼主遷籍未辦資料變更者，多數寵物恐已成「幽靈狗(貓)口」，為防治狂犬病疫情擴散，究應備置多少疫苗，應通知之對象為何，未施打之寵物究係已死亡或待施打，均無從確定。顯示該處未建立寵物登記後之追蹤機制，適時更新，致資料逾時失真，影響防疫業務，經函請臺南市動物防疫保護處研謀改善。
嗣經臺南市審計處追蹤改善情形，臺南市動物防疫保護處自103年起展開已登記寵物之調查，除藉由該處派駐區公所之獸醫進行家戶訪查外，並就登記滿10年以上犬貓飼主，全面寄發調查表，依據回收資料更新登記資料。截至5月底止，就已回收之調查表除戶率達98％，大幅更新列管之登記資料，增進該處對轄區寵物基本資料之掌握，提升防疫工作成效。