審計部交通建設審計處查核發現，交通部鐵路改建工程局（下稱鐵工局）辦理「員林市區鐵路高架化計畫」事前規劃作業欠周延，至細部設計階段始發現未編列相關配合工項費用，及引用舊版之鐵路橋梁耐震設計規範，又未覈實檢討修正計畫經費需求及自償性，致遭行政院5次退回檢討修正，影響整體計畫期程1年10個月，經審計部報告監察院，業由該院提案糾正鐵工局。
鐵工局為改善員林火車站附近地區因縱貫鐵路阻隔，造成沿線兩側區域發展之阻礙，自95年2月起辦理「員林市區鐵路高架化計畫」，斥資58億8,572萬餘元推動各項工程，預訂101年2月通車。惟該局於規劃階段未覈實編列莒光陸橋拆除工程等相關配合工項費用，且未考量員林地區地質狀況及引用舊版之鐵路橋梁耐震設計規範設計等，至細部設計階段始發現及修正，影響計畫推動期程；未依規定將工程經費送交工程會辦理專業審議，及檢討修正計畫內容，即逕逾越經費額度辦理工程發包作業，預算控管失當，嗣修正計畫經費及期程未獲核定，軌道工程無法發包，嚴重延宕通車時程及整體計畫完工。案經審計部於102年10月29日陳報監察院核辦，經該院立案調查後，於103年5月15日糾正鐵工局（詳監察院公報2916期）。