審計部臺南市審計處(以下簡稱臺南市審計處)查核發現，臺南市政府1999市民服務專線服務品質欠佳，經函請檢討改善，該府已檢討汰換軟硬體設備，改善作業缺失，1999整體滿意度由65.30％(101年度)大幅提升至93.39％(103年4月)，不僅提供臺南市民眾更好的市政服務，且落實市長以民為主的施政理念。
臺南市政府為提升為民服務品質及提供便民諮詢的單一窗口，民國(下同)100年4月成立1999話務中心並委託廠商經營管理，101年度委外經費517萬餘元，惟經臺南市審計處查核發現，「1999市民服務熱線話務系統」與臺南市政府「線上即時服務系統」未整合，話務人員須將民眾陳述內容登載於雙邊系統後，由線上即時服務系統轉交業務主管局處逐案處理，再於話務系統控管結案，耗時費力，衍生控管疏漏，延宕處理時效；又話務人員考核評定結果差距甚大，且逕由廠商認定之話務尖峰時段與實際進線量有顯著落差，致人力配置不足，影響服務品質，經函請市府檢討改善。
經臺南市審計處追蹤臺南市政府改善結果，該府已於103年3月完成1999話務系統優化案，汰換老舊軟硬體設備，整合話務系統與線上即時服務系統，嚴密控管處理時效，大幅提升服務效率；另已加強話務人員60小時以上專業訓練，且依話務量分配情形於契約明訂話務尖峰時段，並配合實際話務需求，靈活運用人力。上開改善措施實施後，103年4月1日至23日臺南市政府1999市民服務熱線話後滿意度調查結果，服務態度滿意度為96.65％、服務專業度滿意度為93.04％，整體滿意度達93.39％，較101年度65.30％大幅提升。