審計機關調查發現，部分市縣政府違反教育經費編列與管理法規定，逕將民國（下同）101年度地方教育發展基金年度賸餘款全數或部分扣抵未來年度市縣公庫撥補基金預算計19億2,018萬餘元(詳下表)，未滾存基金於以後年度繼續運用。經審計機關促請教育部研議檢討改善，教育部業已函請各市縣政府依規定辦理。
依教育經費編列與管理法第13條規定：「直轄市、縣（市）政府之各項教育經費收入及支出，應設立地方教育發展基金，基金應設專帳管理。地方政府自行分擔之教育經費、一般教育補助、特定教育補助均應納入基金收入，年度終了之賸餘並滾存基金於以後年度繼續運用，其收支、保管及運用辦法由直轄市、縣（市）政府定之。」審計機關調查各地方政府實際辦理情形，發現部分市縣政府訂定地方教育發展基金年度賸餘款之處理作業規範，不當限制基金年度賸餘款全數或部分扣抵未來年度市縣公庫撥補基金預算，未滾存基金續用之情事，核與上開法令規定存有扞格。
本案因攸關國民教育健全發展之維護及教育經費來源之保障，經審計機關於103年4月3日函請教育部研議檢討改善。該部已於103年5月5日函請各市縣政府應依教育經費編列與管理法第13條規定辦理，並全面檢視修正所訂定賸餘款處理之相關規定，以臻適法。