審計部臺灣省雲林縣審計室查核發現，雲林縣稅務局核課工業用地地價稅及房屋稅，未符規定條件仍核予優惠稅率，經函請檢討改善後，該局業已補徵民國(下同)98至102年度地價稅及房屋稅款608件，金額1,275萬餘元，並加強勾稽查核機制。
依土地稅法第18條及房屋稅條例第15條規定，供工業用地直接使用之土地，按10‰計徵地價稅；合法登記之工廠供直接生產使用之自有房屋房屋稅減半徵收。雲林縣審計室派員調查雲林縣稅務局辦理工業用地地價稅及房屋稅適用優惠稅率核課情形，核有：課稅資料欠缺跨機關勾稽查核機制，致房屋稅核課優惠稅率面積大於工廠登記面積；已公告廢止或歇業或無工廠登記之工廠，仍核予優惠稅率等欠妥情事，經函請該局查明妥處並加強勾稽查核機制。
雲林縣審計室經追蹤雲林縣稅務局改善結果，該局已就未符合優惠稅率之土地、房屋及廠房，改按一般稅率課徵地價稅及房屋稅，共1,275萬餘元(詳如附表)；另將加強財政部中區國稅局、雲林縣政府等有關機關課稅資料勾稽查核機制，以維護租稅公平性。