審計部交通建設審計處查核發現，部分車輛實際於臺灣本島使用卻設籍離島地區減徵汽車燃料使用費（以下簡稱汽燃費），公路總局所屬監理機關未依規定改以全額徵收，經函請查明妥處後，已陸續開單補徵近5年汽燃費收入155萬餘元（1,034件），並修改離島地區車輛減徵汽燃費相關作業流程，有效維持稅費稽徵公平。
政府為照顧離島地區居民，對車主設籍離島地區之車輛，以70％計徵汽燃費，且免徵使用牌照稅，但限於離島地區使用，如有於臺灣本島使用、檢驗、異動或換照等情事者，改以全額徵收。但審計部交通建設審計處查核發現，部分設籍離島地區減徵汽燃費之車輛有行駛國道ETC車道，及於臺灣本島辦理檢驗、異動或違反道路交通管理處罰條例等情事，惟公路總局所屬監理機關未依規定恢復全額徵收汽燃費，爰函請該局查明妥處，並健全相關作業流程。
公路總局除開單補徵汽燃費，同時並通報相關稅捐機關查明補徵使用牌照稅；另修改離島地區車輛減徵汽燃費相關作業流程，自民國102年7月1日起，離島地區民眾購買車輛，需至離島監理機關辦理實車查驗後，始可辦理減徵；離島車輛須辦理拋棄減徵後，始可於臺灣本島定期檢驗，實施後減徵車輛已相對減少，有效維持稅費稽徵公平。