高雄市政府為提供市民低廉、便捷之河港交通及觀光運輸服務，於民國（下同）94年1月1日成立高雄市輪船股份有限公司（下稱輪船公司），99年1月1日起由該公司自行選任董事長與專業經理人經營。輪船公司自94年成立迄今，每年營運均虧損，經審計部高雄市審計處於100年派員查核發現，該公司未審慎評估真愛輪及光榮輪新建案投資效益，致該2艘觀光輪完工交船後年餘才營運，迄未能達成預估盈餘目標；不顧營運虧損機率偏高之評估意見，仍興建高雄輪，且未確實辦理督工與驗收，致延宕計畫期程；未審慎評估規劃建置售票亭及自動售票機，完工後又未能妥善因應外在營運條件變化，致購置設施(備)不符需求而閒(棄)置；高雄市政府長年未編列預算補貼該公司因旗津居民免費乘船造成之票價減收，或調整免費乘船優惠措施，復未切實查究票價調整後實際收入與預估值落差肇因，且未依市長核定方案公告調整渡輪航線票價，造成營運收入減損等情事。
本案經審計部高雄市審計處依審計法規定，於102年12月23日陳報監察院核辦。案經監察院調查後，於103年3月11日糾正高雄市政府。(詳監察院公報第2908期)