交通部臺灣鐵路管理局（下稱臺鐵局）為消除沙鹿舊站前、後站區分，自民國（下同）92年辦理沙鹿站跨站式站房新建工程，編列預算1.3億元，納入「臺鐵都會區捷運化暨區域鐵路先期建設計畫」辦理，該站改建期程2年，原預計於93年底竣工啟用，截至100年底止仍在興建中，已較預計時程延宕7年餘，進度嚴重落後。
經審計部交通建設審計處派員調查發現，臺鐵局未積極有效督促設計建築師依約完成設計圖說及預算書，致延誤設計時程；未釐清建築工程進度落後責任歸屬，即逕予終止契約，經調解後，始認定落後幅度未達終止契約標準而辦理復工，肇致停工期間長達近8 個月，影響工程執行進度；對監造建築師未依契約規定派員監造，未採取積極有效因應措施，嚴重影響機電工程執行進度等未盡職責及效能過低情事。經依審計法第69條規定，於101年9月27日通知交通部查明妥適處理，並陳報監察院。案經監察院調查後，於103月2月11日糾正臺鐵局。（詳監察院公報第2904期）