內政部營建署為協助解決社會住宅問題，提升購(租)屋能力，依據行政院核定整合住宅政策，除賡續辦理國民住宅貸款外，另自民國(下同)96年度及98年度起，分別辦理整合住宅補貼資源實施方案及青年安心成家方案，提供租金補貼及購置(修繕)住宅貸款利息補貼。截至100年12月底止，前者累計核准戶數分別為161,661戶、32,559戶，補貼金額各為32億556萬餘元、9億9,492萬餘元；後者累計核准戶數分別為22,002戶、41,071戶，補貼金額各為10億2,164萬餘元、13億192萬餘元。
經審計部派員抽查發現，該署未覈實督促地方政府查核接受補貼戶之資格現況，致有申請人已喪失資格，未追繳已撥付補貼金額；受利息補貼者，擁有第二戶住宅或年所得逾規定標準；受領租金補貼者，戶籍內直系親屬名下擁有住宅或已遷離戶籍地；國民住宅貸款戶同時享有國軍及公教優惠貸款等與規定不符情事，經函請該署查明妥處。主管機關內政部已於103年2月26日訂頒「內政部租金補貼撥付及溢領款追繳作業要點」，作為各地方政府辦理追繳作業之準據；另截至102年12月底止，內政部營建署已收回補貼金額1,907萬餘元，尚有585萬餘元待收回，審計部已賡續督促該署積極追繳。