前臺南縣政府(於民國99年12月25日與前臺南市政府合併改制為臺南市政府)為處理「臺南市柳營科技工業區」污水，規劃第1、2期開發區分別興建處理產能8,100CMD（立方公尺/日）之污水處理廠各1座。其中第1期污水處理廠，耗資4億6,194萬餘元，於民國(下同)98年11月6日完工，同年12月6日正式運轉。經審計部臺南市審計處調查發現：該府未依地域特性及事業廢水狀況作必要之調查，即決定污水處理廠興建規模，致嚴重高估產能需求，而使用效能低落；未督促污水處理廠之代操作廠商(下稱代操作廠商)確實辦理放流水質檢測，管控欠嚴謹，致放流水因污染物超標而受罰；污水水質異常未即時通知工業區進駐工廠(下稱工廠)查明妥處，任由工廠繼續排放，影響污水處理系統功能。經依審計法第69條規定，於101年9月10日通知臺南市市長查明妥適處理。
案經審計部臺南市審計處追蹤後續改善情形，臺南市政府已將第2期開發區之污水改由第1期污水廠處理，有效提升該廠使用效能，並取消第2期污水廠擴建工程計畫(規劃之經費2億2,847萬餘元)，減少鉅額投資；另為加強水質檢驗，已設置ISO 17025認證之檢驗室，強化水質檢測之公信力；督促代操作廠商確依園區下水道使用管理要點規定辦理，並加強稽查放流口水質採樣化驗及巡視廠區，以杜絕工廠偷排，改善迄今已無因水質異常致遭裁罰情事。