行政院環境保護署(以下簡稱環保署)為利鄉市鎮之垃圾彙集，於民國80年報經行政院核定「鼓勵公民營機構興建營運垃圾焚化廠推動方案」，分由政府及民間興建焚化廠，該署並編列預算，於民國（下同）89至96年間共核定補助16個地方政府，設置31個垃圾轉運設施，補助金額合計3億9,865萬餘元。
上開補助案件有關環保署執行情形，經審計部派員調查發現：（一）補助設置垃圾轉運設施未確實衡量垃圾清運量之增減變化，且未因應垃圾處理政策已由「垃圾強制分類」及「垃圾費隨袋徵收」，轉變為推動「垃圾零廢棄」之趨勢，及早研擬轉運設施後續運作模式，任由轉運設施低度運作；（二）審查地方政府提報垃圾轉運設施興建計畫未臻嚴謹，致轉運設施及相關清運機具多有閒置，未能發揮預期效益；（三）垃圾轉運設施間有完工多年，未積極要求地方政府定期提報營運情形，且後續督導考核作業未臻確實，亦未能發揮訪視功能，致未能針對設施閒置及使用率偏低情事及時督促改善，促使達成興設目的等未盡職責及效能過低情事。
另新竹縣、嘉義縣及宜蘭縣政府接受環保署補助興設5個垃圾轉運設施，核定補助金額為1億943萬餘元，其執行情形，亦有：（一）垃圾轉運設施場址間未及早規劃辦理撥用計畫變更、水土保持計畫及興辦事業計畫之審查作業，致延宕計畫執行期程，影響轉運設施營運；（二）未依規定辦理環境影響評估作業，迭經民眾提起行政訴訟停工，肇致履約爭議終止契約，或未適時與民眾溝通，轉運設施未能正常運作，無法發揮垃圾轉運預期效益；（三）採購程序未符法令規定，規劃亦欠周延，肇致設備多有閒置情事，未能充分發揮機具應有效益；（四）未審慎決定轉運設施營運管理權責，於環保署核定補助後，以移交管理權為由，辦理修正計畫，延宕提升垃圾收集效率期程等未盡職責及效能過低情事，經審計部於101年6月26日依審計法第69條規定，函請行政院查明妥處，並報告監察院。案經監察院立案調查後，於103年1月8日糾正環保署、新竹縣及嘉義縣政府（詳監察院公報第2899期）。