臺南市政府考量舊安順鹽場鄰近四草野生動物保護區，擁有豐富自然生態及歷史文化資源，爰於民國（下同）88至91年間耗資1億3,857萬餘元發放補償金辦理遷村，並向前行政院文化建設委員會(下稱文建會，101年5月20日改制為文化部)申請補助款1,200萬元，於92年4月8日成立鹽田生態文化村。截至99年底，各項軟、硬體建設經費合計3,380萬餘元。其設置及經營管理情形，經審計部臺南市審計處調查發現，該府將補助款移用於非核定計畫項目，排擠房舍整修經費，任其荒廢；又未規劃運用當地自然生態及歷史人文資源，致遊客人數由95年度之10,357人次，逐年降低至99年度之4,787人次；另有關文建會補助辦理情形，經審計部教育農林審計處調查發現，該會未詳實審核市府自籌款項，致未達原訂補助計畫之目標；復未確實追蹤考核計畫修正內容，亦未於結案時要求提出成果報告書，核有未覈實辦理計畫執行與管考之責等，經依審計法第69條規定，於101年1月報告監察院。案經該院立案調查後，於103年1月9日糾正臺南市政府及文化部。
嗣經審計部教育農林審計處及臺南市審計處賡續追蹤文化部及臺南市政府改善情形，該部已修正相關作業規範，強化各補助計畫之審查、監督與管控機制；另臺南市政府已逐年辦理結構防銹粉刷等改善工程，擴大招募培訓志工，並整合原臺南縣市志願服務(工作)隊成員，假日時段於園區內各主要景點提供導覽服務。據統計遊客人數，100至102年度分別增至12,173人次、47,726人次及50,376人次，改善措施業獲具體成效。