臺南市截至民國(下同)101年度止，1年以上公共債務餘額451億9,492萬餘元，未滿1年公共債務餘額244億1,686萬餘元，債務比率分別為44.64％及27.91％，瀕臨法定舉債上限。復加計自償性債務85億9,866萬餘元，及向基金及代辦專戶調借、預借中央統籌分配稅款、積欠臺灣銀行代墊優惠存款利息差額與中央國宅基金71年度土地增值稅等款項164億8,159萬餘元，總計應付金額946億9,205萬餘元，債務負擔沈重。審計部臺南市審計處查核發現該市市庫資金調度困難，部分支付案件未依付款憑單收件順序付款，欠缺適法性；部分機關委託區公所代辦工程，工程發包後，即撥付工程經費70％，因尚無支付需求，經費留存公所專戶，截至101年底，合計留存金額4億6,105萬餘元，影響庫款調度；另近年來借款利率持續下降，卻未適時與銀行協商調降，無法減輕利息負擔，經函請臺南市政府檢討改進。
案經該處追蹤改善結果，該府已訂定臺南市市庫庫款調度之付款順序原則，第一優先為必要、急迫性支出，第二優先為經常支出，其餘市庫無調度困難期間，依收件順序支付，市庫調度困難期間，100萬元以上案件先予管控，視市庫狀況依收件順序付款，以健全市庫管理制度規章；並調整預撥區公所工程經費核撥方式，100萬元以下工程，完工後1次撥款，100萬元以上，依工程進度分3次撥款，減少資金閒置公所專戶；另經該府多次與銀行協商結果，業獲同意調降部分貸款利率0.1％，約可節省利息支出33萬餘元。