高雄市政府民國101年度編列稅課收入預算數369億4,000萬元，執行結果，實徵數309億4,448萬餘元，約占預算數83.76％，其中房屋稅及地價稅之課徵情形，經審計部高雄市審計處辦理高雄市稅捐稽徵機關財務收支抽查發現：部分建築物實際作為工廠或營業使用，卻免徵地價稅或以自用住宅等較為優惠之稅種課稅；私人醫院附設坐月子中心，僅部分建築物房屋稅以營業稅率徵課，欠缺一致性課徵基準，且部分坐月子中心課稅面積遠低於實際營業面積；房屋稅及地價稅稽徵業務，因分由不同業務主管單位經辦，欠缺健全之相互通報機制，屢有建築物與坐落基地課稅稅種不同，漏徵稅捐情事等缺失。經函請注意清查並研謀改善措施。
嗣經審計部高雄市審計處追蹤稅捐稽徵機關改善結果：截至民國102年8月底止，業清查補徵或改課地價稅及房屋稅2,203筆，補徵稅額764萬餘元，並加強房屋稅與地價稅之通報機制，定期辦理業務檢查，以減少稅收流失。