國防部管轄國軍營區743處，各營區所產生之污(廢)水量龐巨，其處理成效攸關周邊水域水質、居民健康，且影響區域公共污水下水道建設之完整性，有關營區污水處理方式及所占比率，如下圖所示。
經審計部調查發現：國防部督導國軍各單位辦理營區污水處理，雖歷經數年改善，惟成效有限，營區污水已接入公共污水下水道或自設完善污水設施之比率，僅占營區總數11.6％，其餘營區僅經化糞池等簡易設施處理，即直接排放至溝渠，且部分營區之污水處理設施不良、維護管理不善、放流水水質不符法令規定，間有污染下游水庫或附近水域之水質；國防部部分營區所在之地方政府，公告該等營區為下水道使用地區、或公共污水下水道已佈設至營區周邊、或營區位於水庫上游等，惟未依規定完成接管或改善污水處理設施，致生營區污染糾紛及影響國軍聲譽等未盡職責及效能過低情事，審計部於民國(下同)101年7月5日依審計法第69條規定，通知國防部查明妥適處理，並報告監察院。又國防部對審計部通知處分事項未為負責之答復，經依審計法第20條第2項之規定，於102年5月8日再將全案陳請監察院核辦，案經監察院調查後，於102月9月17日糾正國防部（詳監察院公報第2883期）。
嗣經國防部研提改善措施，業已配合地方政府污水下水道工程進度，預計於 102年完成馬祖地區4處營區污水處理設施改善及發包執行臺北市16處營區下水道接管工程，並賡續規劃於103年辦理5處營區污水處理設施改善及10處營區接管工程。另針對其他公共下水道布設普及率較低地區，短期內由該部督飭各營區加強維護現有污水處理設施；中、長期賡續配合各地方政府污水下水道佈設期程，分年(階段)執行接管工程。