交通部臺灣鐵路管理局（簡稱臺鐵局）為減少颱風豪雨帶來災害，爰辦理「宜蘭線九份坑溪涵洞23K+200改建工程」，契約金額4,872萬元，於民國（下同）100年4月6日開工，預定100年12月31日完工。經審計部調查發現，本案未先辦理水理分析即逕行決定涵洞施工斷面，致設計通水斷面過大，超出上游堤防頂部高程，造成不經濟設計及增加工程費用達471萬餘元；未確實掌握規劃設計廠商地質鑽探分包情形，亦未善盡審查及監督責任，無法及時發現鑽探位址未符規定，肇致鑽探結果與地質現況有重大差異，管冪工法無法順利推進，嚴重延宕工程執行進度；且未針對進度落後原因，研謀有效因應措施，無法克服地質差異問題，肇致終止契約，並衍生履約爭議，及斥資公帑1,272萬餘元施作之部分管冪掩埋不用。爰於101年7月12日函請交通部查明妥適處理。
交通部於102年6月18日函稱，臺鐵局已懲處4位失職人員，各核予申誡1次之處分，並研提：爾後將簽請延聘或委託專家學者協助專業審查，廣納各方意見以補專業不足之處，確保採購品質；將於招標文件中，確實要求杜絕不當分包並建立監督機制；研議具體可行施工方式，已完成之部分管冪，將維持原設計規劃之功能，以避免公帑浪費，執行進度如產生嚴重落後時，針對問題癥結立即提出可行方案，成立專責小組，通案研謀針對進度嚴重落後之工程，建立預防、處理，解決方案等改善措施。本案終止契約後臺鐵局業已檢討擬具前述改進措施，以重新辦理預算書及相關設計圖說，預定於103年度重新發包。