「地方制度法」第87之3條第1項規定：「縣(市)改制或與其他直轄市、縣(市)合併改制為直轄市者，原直轄市、縣(市)及鄉(鎮、市)之機關(構)與學校人員、原有資產、負債及其他權利義務，由改制後之直轄市概括承受。」高雄市、縣於民國(下同)99年12月25日合併改制，前高雄縣轄27個鄉(鎮、市)公所經管公庫存款，除六龜區已將存款餘額繳回高雄市庫並納入集中調度外，其餘26個鄉(鎮、市)公庫存款，經高雄市政府財政局同意續存於原代辦公庫之各鄉(鎮、市)農會，續存金額5,000萬元以下者，以固定年利率0.16％計息、逾5,000萬元部分，以固定年利率0.44％計息。案經審計部高雄市審計處調查發現，高雄市政府為辦理市庫調度，日常收支均需透過銀行墊借款項支應，100、101年度平均墊借年利率分別為0.89％、0.917％，遠高於26個鄉(鎮、市)公庫留存農會存款利率，惟上揭存款卻未儘速納入市庫調度，造成市庫額外墊借之利息負擔，經統計，截至102年6月底止，原鄉(鎮、市)庫款續存於各農會餘額仍達39億1,175萬餘元，以高雄市政府各年度市庫墊借款之平均年利率設算，100至102年6月底止，已造成公庫利息損失達5,313萬餘元，經函請高雄市政府財政局檢討改善。
嗣經審計部高雄市審計處追蹤改善結果，高雄市政府財政局已於102年7月將原存於各農會之存款餘額39億餘元收回並納入市庫調度，未來每年將可節省市庫墊借利息支出2千萬餘元。