臺北市政府所屬交通局為配合市政府推動「自行車生活化」交通政策，於民國(下同)97年度辦理「敦化南北路自行車專用道工程計畫」，規劃於該路段外側機、慢車道設置自行車專用道，自民權東路至基隆路全長約4.6公里，主要以忠孝東路為界分南、北段2標案施工，計畫總經費9,900萬元，工程陸續於98年7月29日(北段)、9月1日(南段)完工，全線自行車專用道於98年9月1日開放使用。
審計部臺北市審計處派員調查發現：交通局擇定自行車專用道採緣石路型，未尊重民意及考量專業性意見，導致開放後因交通阻礙及安全問題造成民怨，其後又拆除已施作緣石造成公帑浪費；調整為「假日單車道」使自行車專用道喪失路權優先性，且無法達成提供安全、友善的騎乘環境之計畫目的；沿敦化南北路全線建置自行車專用道，造成道路車流服務水準下降，且增加交通事故風險等未盡職責及效能過低情事。經依審計法第69條規定，於101年8月6日通知臺北市市長查明妥適處理，嗣臺北市政府仍有答復不當之情事，爰依審計法第20條規定，於102年6月3日陳報監察院核辦。案經監察院調查後，於102年10月7日公告糾正臺北市政府暨所屬交通局。(詳監察院公報第2885期)