臺東縣政府為因應綠島觀光活動發展及遊客激增等需求，於該島南寮漁港北側擴建交通船專用港，供客貨輪船及觀光船艇停泊。另興建交通碼頭候船室及停車場供旅客使用，於民國(下同)94年5月5日完成驗收，建造費用3,085萬餘元。經審計部臺灣省臺東縣審計室調查發現，除貨輪停泊交通船專用港碼頭外，客輪及觀光船艇仍於舊碼頭載運遊客，致該候船室驗收後即閒置，經函請該府積極辦理活化。臺東縣政府雖函稱已促請船公司停泊該專用港碼頭，候船室將提供交通部觀光局東部海岸國家風景管理處作為旅客服務中心及船公司售票場所。惟經追蹤結果，發現該候船室係地上2層樓之建築物，遊客中心及售票處僅使用1樓部分空間，仍屬低度使用，未能發揮應有空間功能，經再促請該府賡續積極研謀改善。
案經審計部臺灣省臺東縣審計室追蹤臺東縣政府後續改善情形，該府已將部分空間規劃為離島免稅商店，並於101年11月完成經營權公開招標(經營權自101年12月5日起至110年12月4日止)，並於102年8月26日正式營運；另該府每年並可收取租金收入暨廠商經營許可費約313萬餘元，增裕庫收。