新北市立聯合醫院為激勵院內員工士氣，提升營運績效及服務品質，依據「公立醫療機構人員獎勵金發給要點」及「新北市政府衛生局所屬市立醫院人員獎勵金發給原則」等規定，以年度事業收支(不含事業外收支)總淨餘數之80％提撥獎勵金。審計部新北市審計處於民國（下同）101年間派員查核獎勵金提撥及發放情形，發現該醫院依據中央健康保險局（現為衛生福利部中央健康保險署）於96至100年間陸續核定94至96年度之醫療費用，核算應發放之獎勵金，核有94年度誤將業務外收入列為醫療收入；95年度漏未認列年終獎金及考績獎金，溢列事業收支餘額；96年度備抵醫療折讓數提列不足等，致分別溢發獎勵金66萬餘元、672萬餘元、2,208萬餘元，合計2,947萬餘元，經函請該醫院查明妥處，並研議具體改善措施。
案經該醫院查處結果，截至102年度第2季止，已收回獎勵金1,908萬餘元，尚未收回部分，已分期追繳，或移送行政執行，或寄送行政處分書中；另追究前任會計主任疏於審核責任，核予申誡1次之處分，並自101年度起將備抵醫療折讓率由7.5％提高為16.14％，以期健全獎勵金核發機制。