行政院為推動「挑戰2008年國家發展重點計畫」，指示經濟部核能發電後端營運基金，於民國（下同）92年度編列2億500萬元，捐助行政院原住民族委員會（以下簡稱原民會）辦理蘭嶼社區總體營造計畫，期藉由部落社區改造運動，以營造蘭嶼永續成長之社會環境。次依「行政院原住民族委員會蘭嶼社區總體營造計畫台電核能發電後端營運基金捐助款2.05億元運用及動支原則」及作業流程表之規定，計畫之初審與實勘係責成臺東縣政府辦理。
原民會自94年起執行蘭嶼社區總體營造計畫，經審計部調查發現：原民會對於各部落社區發展協會缺乏計畫撰寫及策劃能力，僅於計畫初始委託專案管理廠商，輔導各協會研提計畫，未基於主管機關立場持續協助輔導辦理，致各協會無法提報適切計畫，延宕作業時程，嚴重影響整體計畫之推動遂行；臺東縣政府對於蘭嶼鄉公所彙整提報之計畫，未進行實地勘查，初審作業未盡完備，原民會復未依規定督促該府檢討，致計畫未妥為修正迭遭退回，徒增公文往返行政作業，且檢討縮短計畫審查作業流程復未見成效，對計畫之提報影響甚巨；原民會辦理蘭嶼社區總體營造計畫，預算執行進度嚴重落後，難以於計畫屆期前達到社區總體營造之預期目標；對已撥付經費之執行情形，疏於控管，致計畫之賸餘款及未執行經費長期滯存於地方政府，預算執行效能過低等未盡職責及效能過低情事，經審計部於102年4月24日陳報監察院核處，案經監察院立案調查後，於同年8月13日公告糾正原民會及臺東縣政府。（詳監察院公報第2877期）