國防部軍醫局（下稱軍醫局）鑑於國軍北投醫院（民國102年1月1日更名為國防醫學院三軍總醫院北投分院，下稱北投醫院）現有病房皆為屋齡已逾35年之老舊建築，報經國防部於民國（下同）95年4月核定「國軍北投醫院軍陣醫療大樓暨戰情值日室新建工程」計畫，預算需求2億3,113萬餘元，執行期程自96至98年度，並委由軍備局工程營產中心（下稱工營中心）辦理營建專案管理。
經審計部於101年6月調查發現：北投醫院明知計畫預算嚴重不足2,092萬餘元，卻未儘速辦理修正計畫爭取預算，致二期工程無法發包興建，展延整體計畫期程至101年度；工營中心辦理一期工程第2、3次變更設計，未掌握審查作業時效及善盡協調管制作業，耽延二期工程招標時程3個月；軍醫局未依規定成立專案督導小組，未善盡協調、管制及督導職責，致全案已逾計畫核定完成期程2年10個月，仍未達成提升醫療服務品質之計畫目標等未盡職責及效能過低情事，經依審計法第69條規定，於101年11月14日函請國防部查明妥處。嗣經國防部於102年3月15日及6月11日函復，已函頒「執行工程建案常見問題及改進作法」提供各單位據以辦理；爾後變更設計作業由工營中心直接督導設計單位辦理後續修正及澄復，每月召開專案會議管制變更設計辦況，加強期程管制，並檢討議處相關失職人員。另北投醫院已自102年7月30日起陸續搬遷進駐醫療大樓，預估1年可增加營收達健保點數8,160萬～8,880萬點（依101年健保點值0.89推估，約7,262萬元～7,903萬元）。