審計部臺灣省雲林縣審計室查核雲林縣政府辦理斗六市朱丹灣、高速鐵路雲林車站特定區2處區段徵收計畫執行情形發現，斗六市朱丹灣區段徵收計畫區域內面積19萬4,766平方公尺之抵價地於民國(下同)97年5月點交土地所有權人接管，公共工程於98年4月驗收合格，該區段徵收完成日為98年4月，惟該府未依土地稅減免規則第17條、區段徵收實施辦法第40條及內政部、財政部相關函釋規定，於區段徵收完成30日內，將範圍內土地列冊並載明工程驗收合格日期，通報雲林縣稅務局自次年期（99年度）課徵地價稅；另高速鐵路雲林車站特定區區段徵收計畫區域內面積72萬5,288平方公尺之抵價地於96年2月點交土地所有權人接管，公共工程於98年5月驗收合格，該區段徵收完成日為98年5月，亦未依上揭規定自99年度起課徵地價稅，影響縣庫收入。經函請雲林縣政府查明並研謀改善措施。
案經審計部臺灣省雲林縣審計室追蹤雲林縣政府改善辦理結果，該府通報徵收地價稅作業程序除日後將注意確實依內政部函釋等規定辦理外，並將相關補正資料函送雲林縣稅務局，該局已開單補徵斗六市朱丹灣、高速鐵路雲林車站特定區內面積115萬206平方公尺之私有地（含已標售土地面積23萬152平方公尺），99至101年度地價稅計6,037件、金額2,211萬餘元，為縣庫增加庫收。