依行政院農業委員會漁業署民國(下同)99年度漁業統計年報，前臺南縣市合計牡蠣產值8億7,479萬餘元，僅次於雲林縣及嘉義縣，居全國第三，為轄內重要養殖漁業。臺南市政府為促進淺海牡蠣養殖業之發展，並改善因採浮筏式養殖導致之海岸線環境污染，訂有「臺南市淺海牡蠣養殖管理自治條例」。經審計部臺南市審計處查核發現，臺南市政府農業局對於放養蚵棚數量及位置之申報，欠缺有效管制措施，致違規放養情形嚴重，甚有安平漁港違規放養蚵棚阻礙航道等情事；蚵棚回收及遺失申報作業未臻嚴謹，致蚵農怠於回收養殖廢棄物，嚴重污染環境等缺失，經函請臺南市政府農業局檢討改進。
案據該局查復，在廢棄蚵棚回收方面，經研議推動「放養源頭管理」、「落實蚵棚回收」兩大措施，並於臨近海岸規劃9處蚵棚回收暫置區，進行回收蚵棚清除作業。101年度申報放養蚵棚8,124架，相關回收作業自102年3月展開，迄6月27日止已回收8,178架(含未申報放養之蚵棚54架)，回收率達100％；在安平漁港違規放養蚵棚清理方面，自102年4月16日開始執行拖吊作業，考量適值牡蠣採收期，故先清除嚴重影響航行安全部分之蚵棚，截至5月底止計清除150餘架，其餘區域亦於7月9日公告將執行第二波違規蚵棚之清除作業，俾確保航道安全並回復經典魅力漁港之風貌。