衛生福利部疾病管制署(前行政院衛生署疾病管制局)為因應嚴重急性呼吸道症候群(SARS)疫情對我國醫療及防疫體系之衝擊，完成「感染症防治醫療網規劃方案」。嗣依該方案規劃內容，擬將原國軍臺南醫院改制成立「署立感染症防治中心」，作為南區國家級與區域級之感染症防治醫院，並研擬「委託經營署立感染症防治中心規劃方案」，規劃委託公立醫學中心經營，報經行政院於民國(下同)93年7月22日同意辦理。經審計部調查發現：其建置過程中，預算籌編與執行欠缺整體性規劃，辦理整修工程未依規定擬訂實施計畫時程，妥善研訂分標及招標策略，前後分成3期辦理整修，工程決標金額合計1億2,652萬元，惟逾計畫期程且耗時6年餘，仍無法啟用，所接管之部分園區建築未能取得使用執照並做妥適規劃利用而閒置，肇致其做為感染症防治醫院之功能無法發揮等情事，經依審計法第69條規定，於100年6月14日陳報監察院，案經監察院調查後，於101年1月6日糾正疾病管制署。（監察院公報第2794期）
嗣經審計部追蹤疾病管制署改善結果，該署已完成防治中心第三等級實驗室所需之檢驗研究儀器與檢驗試劑之採購及設置，於101年6月13日通過衛生福利部審核同意啟用，同年月26日通過勞工安全衛生主管機關之查核，並於同年12月12日獲臺南市政府函復同意防治中心建築物免使用執照申請之備查。另為永續防治中心之設施使用，該署已將防治中心維運，以及運用中心設施發展/推廣/辦理相關教育訓/演練/研究計畫/活動，列為重點業務，持續加強辦理。