依民國（下同）90年6月20日修正房屋稅條例第15條第1項第3款及第3項，增列已登記專供祭祀用之宗祠、宗教團體供傳教佈道之教堂及寺廟等私有房屋，應經申報程序始得減免房屋稅之規定。屏東縣政府減免私有房屋稅捐稽徵情形，經審計部臺灣省屏東縣審計室派員調查發現，截至100年底止，全縣登記專供祭祀用之宗祠、寺廟等私有房屋，尚未申報房屋使用情形及設籍，惟仍予免徵房屋稅計有277件，經函請屏東縣政府稅務局檢討妥處。
嗣經審計部臺灣省屏東縣審計室追蹤屏東縣政府改善情形，該府稅務局業於101年2月1日全面清查並輔導寺廟設立房屋稅籍，其中寺廟因權屬不明、年代久遠、無可考究，逕行設籍者計有88件；屬房屋稅條例90年6月20日修正前已合法立案，逕行輔導設籍者計有188件；屬房屋稅條例90年6月20日修正後未申報稅籍1件，經補徵稅款4萬餘元。