臺灣博物館系統古蹟修復再利用計畫是提升永續經營、推動文化資產保存維護與活化再利用之重要計畫，惟本案臺灣博物館系統整體規劃未評估土地取得相關問題，復未正視產權移轉對工程之影響，嚴重延宕計畫推動期程；及未妥為評估古蹟調查研究所需時間，並針對古蹟特性詳實調查，即編列特別預算，致因執行進度落後，而註銷鉅額預算，未能依所定期程修復鐵道部及臺北樟腦廠古蹟，重現臺北舊城歷史新風貌及提升首都核心區文化意象。經審計處查核揭露，並報經審計部依審計法第69條規定報告監察院。嗣經監察院依法糾正後，已獲文化部具體回應，積極研謀相關改善措施。