交通部民用航空局依「使用國營航空站助航設備及相關設施收費標準」，對航空公司停放於機坪之飛機，係按機型及停留時間計收停留費，審計部查核發現，民用航空局桃園國際航空站(業於民國99年11月成立桃園國際機場股份有限公司，改隸交通部)實際計算飛機停留費時，係依航空公司每日實際停留於航空站之飛機架次，扣除維修廠區可停放之架次後，就其架次差額計收停留費，惟該航空站計算停留費，核有高估維修廠區可停放飛機之架次，衍致短收停留費情事。經審計部通知民用航空局督促檢討妥處，據桃園國際機場股份有限公司說明，業自民國101年1月起，改按飛機實際停留於航空站機坪時間，覈實計收停留費，每年約可增加停留費收入1億5千餘萬元。