國防部軍備局為因應該局組織條例施行，確保軍備事務運作順遂，並利用資訊科技整合軍備體系各組織功能，委託中山科學研究院籌建「軍備事務資訊化投資案」，期程為民國（下同）94至98年度。98年12月20日驗收完竣，結算金額2億2,056萬餘元，計開發46項應用系統。經審計部派員調查發現：軍備局執行本案未按相關資訊作業規定，妥為規劃資訊系統建置範疇及功能，影響軍備核心業務資訊化程度及其作業效率，無法發揮蒐集分析武器系統有關計畫、研發、生產、採購等各階段資訊，強化武器系統獲得管理作為及軍備事務管理等功能；國防部參謀本部通信電子資訊參謀次長室未落實執行國軍資訊系統建置整體需求規劃評估、軟體構型管制、建案資料審查，又疏於後續資訊系統督導考核作業，軍備局未依規定於驗收完成後填送軟體管理明細表，及未將構型資料陳報核備，該室均未督促辦理，軟體發展管制作業紀律鬆散等未盡職責及效能過低情事，經於101年3月15日函請國防部查明妥處。
據國防部101年8月及102年1月函復，除檢討議處相關失職人員16人外，為避免重複維護投資及不符使用效益，經檢討停用5個子系統，其餘41個子系統，加強辦理三軍及所屬相關單位人員教育訓練，並督促建案及研發單位完成相關資料建置，定期更新系統資訊，以發揮督導管制能力，增進作業效率，提升「軍備事務資訊化系統」整體使用成效；另修頒「國軍軟體發展管理作業規定」，及清查國軍各單位現有資訊系統暨軟體建置情形，掌握國軍軟體發展現況，有效管制系統資源整合與運用，避免系統重複開發建置情事再生，並加強實施成效追蹤暨考核，以發揮投資效益。