民國93至94年間，由於艾利、海棠、與瑪莎颱風引發石門水庫集水區嚴重土砂災害，累計淤積量高達8,636萬立方公尺，占總蓄水量28％，庫區淤積更淹沒石門大圳及石門電廠進水口，原水濁度飆高，超出下游自來水淨水廠處理能力，致使大桃園地區停水長達18天。鑑於上揭停水事件對民生及經濟產生重大影響，行政院乃於95年1月13日提經立法院三讀通過石門水庫及其集水區整治特別條例，經總統公布實施，施行期間6年，經費上限為250億元，經濟部爰研提整治計畫，經行政院於同年5月24日核定執行。依整治計畫，整治目標分為近期與中長期2部分，其中近期以不分區供水為目標；中長期則以延長水庫壽命、降低缺水風險為目標。惟計畫執行期間，經濟部大幅調整計畫內容，延誤計畫推動時程2年6個月。審計機關職司政府財務效能之考核，爰規劃辦理計畫實施進度、收支預算執行經過及其績效之審計，審計結果發現之缺失，經審計部依審計法第69條規定向行政院提出建議改善意見及通知經濟部查明妥適處理，並報告監察院，及通知水利署檢討改善。嗣經審計部賡續追蹤行政機關改善結果，在確保水庫營運功能方面，已使石門水庫有效容量維持在2億800萬立方公尺左右；在穩定供水方面，已於近年颱洪期間發揮降低淨水場原水濁度，並增加備援供水量等功效。
謹就相關審計工作之調查發現、調查意見及其後續有關機關之處理情形等資料輯印成冊，藉以促進社會大眾瞭解石門水庫及其集水區整治計畫執行情形與審計機關持續監督之成效。