農業部農田水利署（下稱農水署）為統整管理各管理處被占用土地情形，按季督促各管理處提報土地清查執行統計表，經審計部教育農林審計處查核發現，該署各管理處使用不同土地管理系統或人工造冊列管被占用土地，惟被占用土地資料龐雜，不利及時掌握其清理情形。經函請檢討改善，已於114年底建置農田水利事業作業基金不動產管理系統，強化土地管理效能。

　　審計處指出，依農田水利非事業用不動產活化收益辦法規定，私人占用非事業用土地，無法以出租、讓售、公開標售等方式處理者，管理該土地之管理處應依法排除占用。原農田水利會自109年10月1日起改制為農水署後，為統整管理各管理處經管土地被占用清理情形，加強辦理教育訓練、業務交流會議，並每年定期辦理業務檢核作業，督導各管理處落實轄管土地之管理。

　　然而，審計處於112年9月查核發現農水署未建置不動產管理系統，提供各管理處登載及管理被占用土地，致各管理處沿用各自簡易管理系統，或仍採人工造冊方式列管被占用土地，衍生不同系統間整合報表困難等問題，徒增行政作業時間，不利及時掌握土地清理資訊，審計處遂於113年1月函請農水署檢討改善。

　　審計處表示，經追蹤改善情形，農水署已於114年底完成建置農田水利事業作業基金不動產管理系統，並設置地理資訊系統（GIS）圖臺功能，協助各管理處透過該系統圖臺掌握被占用土地不同時序之利用狀況，有助於釐清被占用時點及現況，強化土地管理效能。