交通部鐵路改建工程局（下稱鐵工局）為減少高屏地區平交道、改善鐵路行車噪音，均衡都市發展並提升土地利用價值，爰於民國（下同）92年12月15日報經行政院核定辦理「臺鐵高雄-屏東潮州捷運化建設計畫」，期程為93至97年，總經費87.59億元，執行期間，經2次修正計畫，核定總經費調增為245.65億元，計畫期程展延至105年6月，並以104年6月全線通車為目標。經審計部調查發現：本案源自高雄專案計畫先期工程，惟鐵工局於行政院核定該專案計畫前，即先行辦理本工程細部設計，肇致專案計畫內容變更後，須廢棄原設計成果，重新辦理細部設計，衍增不經濟支出1億6千餘萬元；鐵工局依政策指示將屏東市區平面鐵路改為高架化，因高架路段增辦路線已逾百分之十，惟未及時重新辦理環評；又鐵工局未覈實評估經費需求，致大幅調高計畫經費，且修正計畫未經核定，逕自決定超原定預算額度辦理工程發包，預算控管失當，復因計畫修正內容未臻周妥、費時冗長，影響計畫推動期程；對工程顧問公司延誤辦理細部設計，且預算執行率連續3年偏低等情，未及時採取有效因應措施，衍生延宕計畫執行期程等未盡職責及效能過低情事。經依審計法第69條規定，於101年7月11日函請交通部查明妥處，並報告監察院。案經監察院立案調查後，於102年2月21日糾正行政院、交通部及所屬鐵路改建工程局(監察院公報第2853期)。