前臺南縣政府為因應臺灣加入WTO後，對我國傳統農業產銷方式之衝擊，亟需設立農產品標準化、規格化中心，以提升行銷競爭能力，民國(下同)92年9月經行政院農業委員會審核通過於玉井鄉設立臺南縣農產物流中心，規劃分3期開發。該府於94年3月耗資1億9,065萬餘元完成第1期-蒸熱處理廠興建工程(下稱蒸熱處理廠)，並委託廠商經營管理。其規劃、興建及委託經營管理情形，經審計部臺南市審計處100年3月派員調查發現：該蒸熱處理廠僅於每年5至7月處理芒果蒸熱作業，94至99年計6年平均年蒸熱量僅250.44公噸，與預估年蒸熱代工量650公噸相去甚遠；水果糖度色澤重量分級選別設備未於購置前妥善評估成本效益，致購置後1年6個月僅使用1次；土地租賃未有周妥之考量，自93年租賃迄今仍有83％之土地計54,875平方公尺閒置未使用，年徒耗35萬餘元不經濟租金支出；委託經營權利金未計入廠商使用設施之自身外銷蒸熱量，復由政府負擔受委託廠商經營管理相關費用，損及政府權益等情事，經依審計法第69條規定報告監察院。案經該院調查結果，於101年11月22日提出調查報告，函請行政院農業委員會督導臺南市政府確實檢討改進。
本案經審計部臺南市審計處追蹤後續改善情形，據臺南市政府查復改善結果：蒸熱處理廠100及101年度蒸熱量分別為541公噸及370公噸(101年度芒果產量減少)，除較99年度350公噸增加外，其蒸熱量占全國總蒸熱量亦由99年度之13.32％，大幅提升至29.33％、26.59％；水果糖度色澤重量分級選別設備100及101年度檢測分級0.8公噸及4.525公噸，已積極提高使用率；閒置之租賃土地為加強其利用率，將請受委託經營廠商種植農產品或出租供農民栽植；修改權利金計算方式，除向受委託經營廠商補收96至100年度權利金85萬餘元，該府經收權利金已由99年24萬餘元增加至100年度之39萬餘元，又租賃土地租金自99年起轉由廠商支付，該府每年減少租金支出46萬餘元。上開改善措施，已有效提升臺南玉井蒸熱處理廠蒸熱設施之使用效能，並增加政府權利金收入及減少財政支出。