國家科學及技術委員會南部科學園區管理局(下稱南科管理局)設置資源再生中心(下稱資再中心)辦理園區廢棄物清除處理作業，經審計部查核發現，廢棄物清除處理費收費表(下稱收費表)久未調整，未能合理反映處理成本，經函請國科會檢討改善，已修正施行，有利資再中心永續經營與財務健全。

　　審計部指出，南科管理局依據廢棄物清理法規定及園區開發計畫環境影響評估承諾，於臺南園區內設置資再中心，內設焚化、物化、固化及掩埋處理設施，另為確立廢棄物清除處理作業執行方式與收費基準，訂定南部科學園區廢棄物清除處理作業要點及收費表，向廢棄物產生源及地磅使用者收費，以妥善清理園區廢棄物。

　　然而，審計部於113年11月查核發現，資再中心之收入來源為廢棄物處理收入，惟收費表自103年5月至113年11月底止，已逾10年未調整，其處理溶劑、污泥及生活垃圾等主要廢棄物之收費，與區外機構處理費用差距甚鉅，未能合理反映廢棄物處理成本。審計部遂於114年1月函請國科會檢討改善。

　　審計部表示，經追蹤改善情形，南科管理局已於114年10月22日修正南部科學園區廢棄物清除處理作業要點，並調整收費基準，自同年12月1日起施行，以合理反映廢棄物處理成本，且該局115年1至3月廢棄物處理收入7,379萬餘元，較以調整前單價收費，增加3,871萬餘元，有利資再中心永續經營與財務健全。