交通部公路總局為提升臺灣東部發展「兩鐵共乘」（臺鐵及自行車）觀光旅遊，委託交通部臺灣鐵路管理局（以下簡稱臺鐵局）辦理自行車載運車廂改造工程，臺鐵局與廠商簽約金額為6,709萬餘元，自民國（下同）98年12月18日開工，預計改造77輛車廂，僅完成16輛車廂改造，因工程進度嚴重落後，迄100年1月28日終止契約。經審計部調查發現，廠商未依規定於樣車改造前提供材料出廠檢驗報告，臺鐵局亦未要求提供並進行審核，即同意施工，致廠商安裝未符契約品質之電氣連結線；臺鐵局未依規定要求廠商提出同等品相關資料以供審查，並放寬檢驗標準同意驗收，肇致支付相同契約價款，卻組裝不符契約規定品質之材料；遺漏審查車門淨高設計圖說，亦未要求廠商提供進口材料出廠檢驗報告進行審核，即同意施工，並遷就廠商已進口材料之事實，同意變更尺寸，衍生推動車廂無階化後，車門淨高僅餘1,590mm，影響旅客進出車廂之便利性及有撞擊車門門楣之虞；未覈實評估車廂改造需求，迨至終止採購契約，以已改造車輛數足敷使用為由停辦，致必須價購未施工但已進料之材料2,656萬餘元，有淪為呆料之虞。經依審計法第69條規定，於101年7月12日函請交通部查明妥適處理，並報告監察院。
據交通部於101年11月6日查復，臺鐵局已懲處3位失職人員，各核予1至2次申誡之處分，並研提：嗣後類似購案將確認各項材料之規範版本，且檢視各項技術規格是否合理且符合需求，並要求監造人員均需參加採購法及公共工程品質管理訓練，取得證照且落實監造作業；將已完成改造之部分車廂，行駛於內灣、集集等月台較低之非主線道，避免發生旅客進出車廂撞擊車門門楣；落實執行材料檢驗，就已進購之材料作為現有車輛之維修材（備）料，以免為呆料等改善措施。