雲林縣政府為實施平均地權業務，訂定雲林縣實施平均地權基金收支保管及運用辦法(下稱收支辦法)。經審計部臺灣省雲林縣審計室查核發現，該府尚未配合地方建設基金之裁撤作業，修正前揭收支辦法之放款計息規定，且未針對所轄之土地開發作業基金，訂定適用之收支保管及運用辦法，經函請研謀改善，已修訂收支辦法，完善土地開發制度規章。
　　審計室指出，財政部考量地方建設基金已完成階段性工作，於109年度裁撤該基金；另中央政府特種基金管理準則第8條及第21條規定，主管機關應擬具特種基金收支保管及運用辦法，地方政府所管特種基金，準用該準則規定。
　　然而，審計室於111年9月及113年4月查核發現，收支辦法第10條規定，基金撥貸利率比照地方建設基金平均地權項目之放款利率計算；又該府尚未針對所轄區段徵收及巿地重劃之作業基金，訂定適用之收支保管及運用辦法，審計室遂分別於111年9月及113年5月函請縣政府改善。
　　審計室表示，經追蹤改善情形，縣政府已於114年9月修訂收支辦法，基金貸款利率依專戶存儲所在金融機構之活期存款利率計息；辦理區段徵收及市地重劃所成立之各基金，其收支保管及運用準用該辦法。截至115年2月底止，基金貸款已按土地銀行活期存款利率計息；北港糖廠市地重劃基金、北港中國醫藥大學市地重劃基金、斗六人文公園區段徵收基金及斗六市社口區段徵收等作業基金，其收支保管及運用均準用收支辦法，以利土地開發相關基金財務運用管理有所遵循。