行政院為推動臺灣地區深層海水產業與技術研發，於民國（下同）95年1月23日核定「深層海水資源利用及產業發展實施計畫」，由經濟部水利署負責辦理「深層海水低溫利用及多目標技術研發模廠新建工程」，執行經費6億8,446萬元，原預計於98年底完成臺東縣深層海水產業園區第1支深層海水產業級取水管與技術研發模廠，以提升低冷精緻農業及冷能應用加值技術，並提供園區開發所需用水量。經審計部派員調查發現，水利署研提實施計畫與計畫修正過程，未考量工程特性、取水規模、取水深度及施工風險等因素，審慎編列工程預算，致先後辦理7次招標始完成發包；對於工程招標一再流標問題未儘速檢討解決，致研發模廠遲至101年3月16日始驗收啟用。又水利署於發包施工前未查明海域環境變動因素，興建過程亦未確實審查專案管理廠商及統包商規劃設計之佈管路線是否適當及相關海域環境調查是否完備，輕率同意廠商施工，致驗收啟用1個多月後，於同年5月6日發生取水管斷管而無法取水問題，發生斷管事故後，水利署因欠缺足夠的海域環境變動參考資訊，遲遲無法釐清發生斷管原因，截至101年底，仍未恢復取水管的取水功能，造成園區無水可用之窘境，嚴重影響相關產業後續發展，核有重大缺失。經審計部依審計法第69條規定，於102年2月7日陳報監察院，案經監察院調查後，於同年4月3日糾正經濟部。（詳監察院糾正案文）