臺南市政府地政局（下稱地政局）為增進土地利用價值，持續獎勵土地所有權人自行辦理市地重劃，經審計部臺南市審計處查核發現，地政局辦理各階段審查實務運作需要增加機關或外聘專家學者人力、場地租借支出等相關成本，惟未研訂自辦市地重劃案件審查收費標準，以償付行政作業成本，經函請研謀改善，已訂定審查收費標準並收取審查費，落實使用者及受益者付費原則。
審計處指出，地政局為維護土地所有權人權益，並強化自辦市地重劃審核機制，陸續訂定及公布實施「臺南市政府受理申請成立自辦市地重劃籌備會審查基準」及「臺南市政府受理自辦市地重劃作業要點」，截至112年底止自辦市地重劃案件，其中已重劃完成並財務結算者計22案，尚在重劃開發中計40案。
然而，審計處於113年3月查核發現，地政局雖於辦理自辦市地重劃業務過程，具有核准、核定、查核、管理及調處等相關權責，且實務運作上對於辦理前開作業程序時需聘請專家學者協助審議、辦理聽證、增加機關人力、場地租借支出等相關成本，惟未按各審查階段研酌訂定自辦市地重劃審查收費標準，以償付行政作業成本，審計處遂於113年5月函請地政局檢討改善。
審計處表示，經追蹤改善情形，地政局已於114年6月24日訂定並公告施行「臺南市自辦市地重劃審查收費標準」，截至115年1月底止，已收取臺南市第141期新化區新興自辦市地重劃等13案相關審查費，計176萬餘元，落實使用者及受益者付費原則。