行政院環境保護署（下稱環保署）為妥善處理垃圾並推動「垃圾零廢棄」政策，經行政院核定自民國（下同）92年起辦理「巨大廢棄物回收再利用計畫」（期程92至95年，預算6.8億元）及「巨大廢棄物多元再利用計畫」（期程96至101年，預算5.42億元），協助各市縣推動辦理巨大廢棄物回收再利用，截至99年度止，累計補助25個市（縣）政府設置巨大廢棄物再利用廠，包含17座破碎廠（3座興建中）、13座修繕廠、6座破碎廠附設修繕作業，購置清運機具暨運作所需人事經費等，核定補助經費9億9,321萬餘元，累計撥付數9億3,987萬餘元。經審計部及所屬審計處、室派員調查發現：環保署於審核市（縣）政府提報計畫之際，並未審慎評估分析各市縣之巨大廢棄物產生量之增減變化，並統合規劃朝區域處理，致部分再利用廠甫興設即面臨料源缺乏之困境；又部分市（縣）政府實際處理量遠低於預期目標，環保署仍續予補助增購機具設備；另巨大廢棄物再利用破碎廠及家具修繕廠（區）近3年（97至99年）實際銷售成果與原訂計畫目標差距頗巨，端賴環保署及地方政府補助收入挹注；又計畫執行期限將屆，該署亦未妥擬因應措施，以確保各修繕廠區能依據計畫推動目的永續經營，核有未盡職責及效能過低情事。經審計部依審計法第69條規定，於100年6月24日函請行政院督促環保署妥適處理，並報告監察院。
案經審計部追蹤改善結果，環保署除召開業務檢討會，辦理再利用廠效能評估輔導改善工作外，另採取宣導、觀摩等方式引導地方政府朝永續經營努力，巨大廢棄物回收再利用率由95年之17.1％提升至101年8月底止之63.6％、平均每日再利用量由95年之78.5公噸增至101年8月底止之240公噸外，另該署未來將不再核定補助地方新設再利用廠，對於效能欠佳之設施，列管加強現場督導，提供改善意見，追蹤辦理情形，並將地方執行成效，納入對地方環保機關年度施政績效評核項目，促使再利用廠發揮效能等，至相關人員辦理該計畫於政策推動、補助審核、督導執行及輔導改善等確有可資檢討之處，已納入年終考績評核之參據。