台灣電力公司第一核能發電廠（下稱核一廠）因除役拆除區內原供水設備，經濟部為免影響周遭民眾用水權益，同意由核能發電後端營運基金（下稱核後端基金）先行墊付新建用水設施款項。經審計部查核發現，前項墊付款項逾（近）2年仍近9成款項未收回，經函請經濟部督促研謀改善，已於114年12月15日全數收回墊付款，維護基金權益。
審計部指出，核一廠建造時，因當地100餘住戶位於核一廠預定用地，須配合拆遷至鄰近地點茂林里居住，爰於廠區內興建供水設備無償提供飲用水。嗣核一廠於108年7月進入除役階段，原供水設備用地規劃轉作室內乾式貯存設施，須拆除並於112年6月停止供水。惟因新建用水設施編列經費偏高，未經獲准納列於「無自來水地區供水改善計畫」辦理，經濟部為免影響居民用水權益，於111年3月決議由核後端基金先以墊付款支應新建用水設施款項。
然而，審計部查核發現，核後端基金於111年7月及112年6月共撥款6,003萬餘元供台灣自來水公司（下稱台水公司）辦理新建用水設施相關工程，核後端基金管理會於新建用水設施113年3月竣工後，雖2度通知台水公司歸墊，惟截至114年4月底止，款項撥付已屆（近）2年，台水公司僅歸墊642萬餘元，尚未歸墊金額高達5,361萬餘元，比率達89.30％，審計部遂於114年5月函請經濟部督促妥處。
審計部表示，經追蹤改善情形，經濟部業協調處理，核後端基金已於114年12月15日收回剩餘墊付款5,361萬餘元，維護基金權益。