臺南市政府體育局（下稱體育局）興建亞太國際棒球訓練中心，依臺南亞太國際棒球訓練中心場地維護費建議表(下稱亞太國際棒訓中心收費建議表)予以收費，經審計部臺南市審計處查核發現，該建議表未考量場館建置經費及維修成本，亦未納列比賽性質或售票營利等因素，經函請研謀改善，已訂定成棒主球場收費標準，調增場地使用費等，完善場館使用管理作業。
審計處指出，體育局為培訓國內優秀棒球選手及提供優質訓練場所，投資37億餘元興建亞太國際棒球訓練中心，涵括成棒主球場、成棒副球場、少棒主球場、少棒副球場、室內外投打練習場及2座內野練習場等共7座場館，並訂定亞太國際棒訓中心收費建議表作為收費依據。
然而，審計處於114年1月查核發現，亞太國際棒訓中心收費建議表沿用89年訂定之臺南市立棒球場場地收費標準，未考量場館硬體建置經費及維修成本，亦未將場館使用用途或售票營利等因素納列考量，影響場館整體收益及永續經營，審計處遂於114年5月函請體育局檢討改善。
審計處表示，經追蹤改善情形，體育局已於114年9月9日與國家運動訓練中心合作，將成棒副球場等6座場館作為國家棒球訓練基地，並於115年1月2日修訂臺南市公有運動場地收費標準，增列該局所屬亞太國際棒球訓練中心成棒主球場場地收費標準表，依場館使用用途及售票營利性質訂定不同保證金及場地使用費，其中保證金調增為10萬元至60萬元、場地使用費調增為3萬元至100萬元(或每場門票收總收入10％)，且將夜間照明費由原先1場次(4小時)5,000元改為以1時段(30分)2,500元計費，並增加轉播權利金及賣店使用費等項目，完善場館使用收益及永續經營。