屏東縣政府(下稱縣政府)110年斥資1億餘元辦理縣定古蹟屏東書院(孔廟)全方位修復工程，結合鄰近舊游泳池，為屏東書院園區，經審計部臺灣省屏東縣審計室查核發現，屏東書院管理維護計畫未經主管機關備查，且保存文物尚待建立保管機制，經函請研謀改善，已訂定相關工作綱要，並修正管理維護計畫，強化古蹟與文物之管理維護機制。
審計室指出，屏東書院建成200餘年，內政部於74年公告指定為縣(市)定古蹟，具歷史文化價值，依文化資產保存法規定，古蹟管理人應擬定管理維護計畫，提報文化資產主管機關備查，並就保管古物建立清冊，訂定管理維護相關規定；另古蹟管理維護辦法規定，管理維護計畫除有重大事項發生應立即檢討外，每5年應至少檢討1次。
然而，審計室於114年4月查核發現，屏東書院管理維護計畫於105年12月經主管機關備查後，迄110年底已屆滿5年，適逢變動管理維護需求辦理修復工程，縣政府於111年8月重新檢討並提報備查，經主管機關復請修正相關事項後，再經113年10月山陀兒颱風造成災損啟動修復工程，縣政府歷經2年餘未再提報備查；且保存之屏東書院章程碑記、屏東書院租碑記及屏東書院改築紀念碑等3件碑碣，為清領及日治時期製成，經主管機關普查後建議指定為一般古物，尚未訂定管理維護相關規範，古蹟與文物或有毀損遺失之虞，審計室遂於114年6月函請縣政府研謀改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，縣政府已於114年7月訂定「屏東書院園區古蹟與文物管理維護內部工作綱要」，公告於機關網站供大眾閱覽，嗣於同年11月再次檢討管理維護計畫，並獲主管機關備查，據以執行管理維護工作，確保古蹟與文物之歷史風貌及文化價值。